某天，春日部防卫队在野外玩耍时，小新意外打开了一个刻着“珍”字的古老卷轴。霎时间，一个自称“珍风忍者”的幽灵——才蔵从卷轴中飞出。他声称自己是400年前最强忍者，却因使用了禁忌的“珍风术”而变成幽灵。现在，他的宿敌“暗影军团”即将复活，必须找到传人再次封印它们。才蔵看中了小新那异于常人的“迟钝”和“灵活性”（实则是捣蛋天赋），以及风间的“理论知识”，强行收他俩为徒。于是，小新用“屁拳”和“动感超人光波”，风间用“理论派忍法”，配合阿呆、妮妮和正男，展开了一场搞笑又热血的忍者修行。最终，他们必须潜入幽灵城堡，用“珍风术”的核心——即“用快乐与无厘头化解一切怨恨”——来打败暗影军团。
本作回归了蜡笔小新剧场版最擅长的“胡闹中见真情”风格。将忍者题材与幽灵元素结合，脑洞大开。小新与风间的“CP感”是本作最大卖点，笑中带泪，最后珍风忍术的真正含义让人心头一暖，非常适合全家观看。
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